Freesurfer 로 surface기반으로 연구를 하다보면,
‘Desikan-Killiany’ cortical atlas (ROI)기반으로 데이터를 추출하게 된다.
Freesurfer에서 가시화 하는 방법들은 다소 원색 계열을 쓰다보니 예쁘지 않고,
ROI기반의 값들을 vertex-wise하게 그리기도 코드 짜기도 귀찮다.
최근에 괜찮은 matlab code가 배포되어 사용해봤는데 편리하고 쉬워서 공유해본다.
아래 링크에 접속해서 받아서 사용하면 됨.
링크 : brainPlot is a MATLAB function to create simple line-art brain plots. (github.com)
가시화 예시 결과는 아래와 같으며, 개인적으써봤을때는 매우 마음에 들었다.
해볼수 있는 task 를 간단하게 정의해보면 다음과 같다.
- Cortical thickness 추출 후 ROI 분석 후 surface 매핑
- PET-CT 에서 도출된 값(tau amyloid, …), cortical surface 매핑 후 ROI 분석 진행 후 surface 매핑
- 기타 다른 모달리티에서 도출된 값, cortical surface 매핑 후 ROI 분석 진행 후 surface 매핑
개인적으로는 surface based approach를 좋아하는 나에게는 어떤 task든 (시간만 좀 들이면) 문제 없어보인다.
이런걸 보니 의사 선생님들이 공대 교수님이랑 cowork이 쉽지 않은데,
freesurfer 기반으로 하는 연구들은 자동화 시켜봐야겠다.